Vor seiner Umbenennung hatte sich das Museum zur Aufgabe gemacht, die Entstehung, Hintergründe und Traditionen aller Religionen darzustellen, „die mit der Bibel verbunden sind“. Demzufolge konnten die Besucher sich nicht nur ein originalgetreu nachgebautes „jüdisches Stadthaus“ oder den Palast von Pilatus ansehen sondern auch eine Karawanserei oder das „Beduinenzelt Ain Ibrahiem“.
Der Schwerpunkt der Museumsarbeit lag darin, den Besuchern ein möglichst authentisches Bild von den Lebensumständen der Völker zu geben, die in der Bibel erwähnt werden. Aus diesem Grund stammen die nachgebauten Gebäude aus den unterschiedlichsten Epochen. Eine ägyptische Grabkapelle aus dem „zweiten Jahrtausend vor Christus“ kann ebenso bestaunt werden wie ein Nachbau des Ischtar-Tores aus Babylon, das aus dem 6. Jahrhundert vor Christus stammt. Beide Bauten zeigen laut der Museumsleitung, dass durch die Besetzung Israels durch die Ägypter oder die Verschleppung der Israeliten nach Mesopotamien ein vielfältiger kultureller Austausch zwischen Israel und seinen Nachbarstaaten stattgefunden hat.
Im vergangenen Jahr kam es allerdings zu einer „Neuausrichtung“ des „Biblischen Freilichtmuseums“. Unter dem Motto „Open your mind! 2006-2011“ kündigten die Verantwortlichen im Juni an, sich stärker als bisher mit den Inhalten der drei großen monotheistischen Religionen Judentum, Christentum und Islam zu beschäftigen. Die Entscheidung wurde damit begründet, dass es neben den Unterschieden zwischen den drei Religionen auch etliche Berührungspunkte gäbe. Diese zu kennen sei in einem multikulturellen Europa von großer Bedeutung. Kernstück der neuen museumspädagogischen Arbeit ist eine Multimediashow über das Christentum, das Judentum und den Islam.
„Mohammed-Haus“ und Moschee im ehemaligen Bibel-Museum
Der Bau des „Mohammed-Hauses“ oder der „Museumsmoschee“ mit Hilfe der finanziellen Unterstützung aus dem Oman wird von den Verantwortlichen als eine Ergänzung des bereits bestehenden Angebots angesehen. Bis zum Jahr 2011 sollen unter anderem ein „Jesus-Haus”, ein „Mose-Haus”, ein „Bibel-Haus” und ein „Jerusalem-Haus“ errichtet werden. Auf seiner Webseite gibt das Museum bekannt, dass die endgültigen Verhandlungen mit dem Botschafter von Oman erst im Januar 2008 stattfinden werden.
Zur Umsetzung dieser Pläne muss das Museum allerdings zunächst ein Gerichtsverfahren gegen den Katholischen Bischof von Den Bosch, Antonius Hurkmans, gewinnen. Dieser möchte durchsetzten, dass sich das Museum in seiner Arbeit auf das Christentum beschränkt. Hurkmans hatte bereits 2002 versucht, eine Änderung des Museumskonzeptes zu verhindern. Damals sagte ein Sprecher des Museums, dass man auf Fördermittel für das neue „multikulturelle Konzept“ nicht verzichten könne, da das Museum in finanziellen Schwierigkeiten stecke.